La préservation des habitats et des espèces dépend étroitement de la gestion des sites.
Pour ce faire, la France a opté pour une démarche volontaire et contractuelle en proposant ainsi plusieurs dispositifs à destination des propriétaires ou des exploitants agricoles :
- Le contrat "ni-ni"
- Le contrat forestier
- Les mesures agro-environnementales
Il existe également un processus d'évaluation des incidences permettant de concilier projet d'aménagement et préservation de l'environnement.