1. L'évaluation des incidences Natura 2000 est de la responsabilité et à la complète charge du porteur de projet. Ce dernier n'est toutefois pas obligé de recourir à un bureau d'études pour mener l'évaluation.
2. L'évaluation cible uniquement les habitats naturels et espèces d'intérêt communautaire ayant justifié la désignation du ou des sites Natura 2000 concernés.
3. Elle doit être menée le plus tôt possible : plus les enjeux liés à la préservation des sites Natura 2000 seront pris en compte en amont, plus il sera aisé de prendre des mesures pour supprimer ou réduire les incidences sur le site.
4. L'évaluation des incidences est proportionnée à la nature et à l'importance des activités, aux enjeux de conservation et à l'existence ou non d'incidences potentielles. La précision du diagnostic initial et l'importance des mesures de réduction d'impact seront alors adaptées aux enjeux de conservation des habitats naturels et des espèces d'intérêt communautaire.
5. Les activités réalisées dans le cadre de contrats ou conformément aux engagements spécifiques d'une Charte Natura 2000 sont dispensées d'évaluation des incidences Natura 2000.