L'originalité de la démarche Natura 2000 en France est de confier la préservation des espèces et des habitats naturels aux propriétaires de parcelles inclues dans les sites.
En effet, à l'application réglementaire stricte, l'État français a préféré une démarche concertée et volontaire sous la forme d'engagements contractuels.
Pour cela, il met à disposition différents outils: