Afin de clarifier le champs d'application des évaluation d'incidences, l'État a opté pour le principe de listes positives qui fixent les types de travaux, projets ou manifestations concernés.
Deux listes concernent des projets, travaux... déjà encadré par un régime d'approbation, déclaration ou autorisation et pour lesquels il faudra désormais associer au dossier un volet évaluation des incidences au titre de Natura 2000.
- Une liste nationale avec application sur l'ensemble du territoire définie par le Décret n°2010-365 du 9 avril 2010
- Une liste locale prends en compte des projets absents de la liste nationale mais dont les incidences potentielles vis à vis de certains projets justifient une évaluation préalable. Cette liste est définie par l'arrêté préfectoral n°2011/DDT/SEB/391 du 25 mai 2011
Enfin, une 3ème liste "régime propre Natura 2000" fixe les projets sans encadrement administratif et pour lesquels il faudra désormais obtenir une autorisation au titre de l'évaluation des incidences. Son champ d'application se limite aux sites Natura 2000. Cette liste est définie l'arrêté préfectoral du 3 septembre 2015,à partir d'une liste nationale établie par le décret n°2011-966 du 16 août 2011.